日本航空516航班2日晚間降落於羽田機場時，與準備起飛前往新潟運送物資的海上保安廳定翼機發生衝撞，2架飛機瞬間起火。儘管事故原因仍在釐清，但是根據《日本新聞網》報導，事發前日航客機的確收到塔台指令允許降落，但是管制員並未准許海保機進入跑道，疑似是因為海保機擅闖跑道才會發生意外。

報導指出，日航客機2日下午5時多抵達羽田機場附近後，獲得羽田機場塔台的許可進入跑道，隨後日航機長與管制員皆重複口述指令，日航機便開始降落，然而在進入跑道時卻與當時應該在跑道旁等待起飛的海保機相撞。

根據《日本新聞網》引述相關人員報導，塔台管制員當時僅對海保機下達在跑道旁邊等待的指令，並未准許海保機進入跑道。目前運輸安全委員會已開始調查2架飛機與塔台管制員的對話內容，而警視廳也依業務過失致死傷嫌疑對此次事故展開調查，同時將於3日前往羽田機場，對發生事故的跑道與燒毀的日航機體進行現場勘查。

發生爆炸的日航客機為空中巴士A350機型，由於適逢元旦假期收假，因此機上幾乎滿員。事發後包含機組人員在內的379人順利在數十秒內脫困，其中有14人受傷。而海上保安廳飛機的機長在爆炸第一時間脫困，其餘5名隊員則是一度失聯。搜救人員隨後尋獲失蹤5人，但是經搶救皆不治身亡，而機長則是仍然命危，尚未脫離險境。