台北捷運信義線年底通車，決定採跨線營運，雖然淡水新店線不分流，但繼信義線年底通車之後，未來松山線通車後要與新店線銜接； 屆時台北捷運路網，將由數個L型路線環環相扣，市中心構成格狀路網，共有12處轉乘站，大多數旅客只要經過一次轉乘，即可到達目的地。

市府表示，目前淡水新店線不分流，主因是市府考量到跨線模式對乘客影響最少，大多數旅客仍可維持原來的搭車習慣。台北市長郝龍斌則指出，跨線營運模式是經由市府內部多次研商，考量降低民眾不便、增加運輸效能和營運可行性等關鍵因素，最後才定案的營運模式。

捷運局分析，採跨線營運，可兼顧中正紀念堂至淡水旅客權益，這部分每日約有14萬人，中永和往台大醫院以北旅客，每日約有6.9萬人，可選擇在古亭站轉搭新店線接淡水線，或在中正紀念堂站或東門站轉搭紅線，相對的衝擊較小，較具可行性。

根據台北捷運整體路網架構，紅線為淡水信義線、綠線為新店松山線、橘線為中和新蘆線、藍線為南港板橋土城線及棕線文湖線，不同營運路線採不同顏色代表。