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※ 本文為 MindOcean 轉寄自 ptt.cc 更新時間: 2020-04-23 00:46:49
看板 Gossiping
作者 dolagon (多拉梗)
標題 Re: [新聞] 「人工合成新冠病毒」 武漢病毒所:不相
時間 Mon Apr 20 23:33:43 2020


可能生科畢業的大家,都在忙著賣雞排
結論錯的這麼離譜的文章
不只被推爆還沒人出來反駁
只好由我這個已經幾年沒做分子演化的小科科來打臉你了

※ 引述《rrr518 (小籠包獵人)》之銘言:
: 大家安安
: 今天再來說說病毒的故事吧~
: 先說結論
: 新聞標題中武漢病毒所倒是對的
: 你們人類的智慧很難做到
: 大家先不要生氣
: 慢慢看 XDDDD

: SARS-COV病毒呢
: 有好多個基因
: 其中一個基因叫做 Spike protein (S)
: S基因就是靠著這個RBD
: 來附著或者進入細胞裡面
: 經過分析後
: 我們發現了一件事情
: 武漢病毒上的RBD裡面
: 有6個非常重要的位點
: 而這6個重要位點中
: 有5個跟SARS不一樣
: 而正式這6個位點的關係
: 讓武漢病毒比SARS更容易跟你們人類的受器ACE2結合
: 但是!!! BUT!!! 霸特!!!
: 這6個位點
: 對你們人類來說是新發現
: 意思就是 以前的研究中
: 無論是發現還是
: 都不是你們人類認知中的最佳位點
: 換句話說就是這6位點根本在人類的認知之外
: 但偏偏出現在武漢病毒上
: 而且效果十分顯著!!!
: 因此我相信人類的智慧是不可能設計出來的
: 最一開始人造論就這樣被打臉臉
: 但是總要有個源頭對吧~
: 所以中國開始找各種動物背鍋
: 首先當然找上背鍋王蝙蝠先生
: 因此找到了RaTG13病毒
: 但是人類研究一下後覺得
: 機率不是很大啊 很多地方都不太對勁
: 所以當時齁
: 咱潘老師在
: 「R: [問卦] 台灣專家潘懷宗確認武漢病毒來自美國」
: 提到的圖 裡面就用這隻病毒作為祖先在那邊講
: 除了方法有問題之外 那隻病毒的確也無辜
: 有興趣的可以去看看文章
: https://rrr518ptt.blogspot.com/2020/03/r.html
: 同樣的錯誤也發生在 PNAS期刊上的論文
: Phylogenetic network analysis of SARS-CoV-2 genomes
: 這篇也是來搞笑的
: 有位知名的病毒學家如此評論
: 「There are many things that are terribly wrong about this paper. Both in its
: content, findings and route to publication.」
: 簡單來說就是錯誤百出,不值一提,去切腹自殺ㄅ
: 接下來呢
: 各種動物都出爐啦~
: 除了大家熟悉的穿山甲之外
: 其實也出現過 果子狸(又是果子狸 XDDD)
: 還有蛇、各種龜龜(海龜、錦龜、鱉都被點名啦~)
: 只有你想不到 沒有中國講不到!!
: 反正講來講去
: 大家發現一個事情
: 在穿山甲身上的病毒有不可思議的「巧合」
: 簡單來說就是穿山甲身上發現的病毒
: 他的S基因 跟 武漢病毒 的S基因相似度非常高!!
: 甚至在RBD上更高!!!
: 所以中國馬上有研究跳出來說
: 齁齁!!
: 就是穿山甲病毒跟某隻冠狀病毒重組(recombination)
: 所謂的重組 簡單來說就是
: https://i.imgur.com/20Afnz0.jpg
: 某段片段互相交換惹!!
: 而研究也發現
: 穿山甲在RBD上的區域
: 有5個位點都符合武漢病毒的那個重要位點
: 這似乎坐實了跟穿山甲病毒發生重組
: 可憐的穿山甲要因此背鍋惹QQQQQQ


以上到這邊,你的文章基本上沒有問題
但是從下面開始
你不只把你附的第八篇paper讀錯了
還在那邊撿大白菜挑自己要的
瞎掰暗示人工製造重組病毒的可能性

: 但後來有個研究發現一件事情
: 大家看看我剛剛畫的圖唷
: 如果是重組的情況下
: 會是整個片段一起交換
: 病毒交換片段才不會挑三揀四
: 這個我不要 那個我要
: 又不是菜市場挑菜 XDDDDDD
: 所以問題就來惹
: 在S基因上
: 武漢病毒跟穿山甲病毒的dn/ds = 0.068/0.651
: 但是S基因裡面的RBD的dn/ds = 0.023/0.710
: 這個數據很有意思
: dn代表 會改變功能的突變
: ds代表 不改變功能的突變
: 這邊我們光想一件事情就好了
: 如果說 真的是重組
: 那麼整段交換後
: 照理來說比例上是不會改變的
: 但是這邊觀察到
: 改變功能突變有變化
: 而不改變功能的突變卻改變很小
: 這個....... XDDDDDD
: 又不是撿大白菜~~~~~
: 這個情況有兩種可能
: 第一種是
: 病毒已經在你們人類的圈子流行非常非常久
: 只是突然有一隻病毒學壞惹
: 突然大爆發
: 這個只要去看看以前保存的檢體有沒有就知道惹
: □ [新聞] 陸媒再揭內幕:官方曾令停檢並銷毀武漢病
: https://www.ptt.cc/bbs/Gossiping/M.1582796735.A.1AB.html
: 第二種
: 有人在挑大白菜
: 這個撿撿那個撿撿
: 組裝起乃!!! 蹦~
: 就這樣~
: 所以人類的確想不到
: 但是
: 那隻穿山甲病毒看起來不錯呢......
: [1] The proximal origin of SARS-CoV-2
: [2] Probable Pangolin Origin of SARS-CoV-2 Associated with the
:     COVID-19 Outbreak
: [3] Phylogenetic network analysis of SARS-CoV-2 genomes
: [4] Isolation and Characterization of 2019-nCoV-like Coronavirus
:     from Malayan Pangolins
: [5] Evidence of recombination in coronaviruses implicating
:     pangolin origins of nCoV-2019
: [6] Receptor-binding domains of spike proteins of emerging
:     or re-emerging viruses as targets for development of
:     antiviral vaccines
: [7] Cryo-EM Structure of the 2019-nCoV Spike in the Prefusion Conformation
: [8] The origin and underlying driving forces of the SARS-CoV-2 outbreak

你附的第八篇參考文獻,原文是在說

假設武漢病毒spike基因中的RDB序列
是從穿山甲病毒的RDB序列重組過去的
而且是最近才發生的
那這兩段RDB序列間ds應該要很低
(因為才剛從穿山甲序列搬家過去,沒有時間累積變異,序列累積變異需要時間)

而且要比武漢病毒和穿山甲病毒間
在其餘spike序列間(不包含RDB)的ds還低
(因為是他們本來就各自擁有的序列,理應有長時間累積變異)

但是實際上結果剛好相反
在ds 0.710>0.651(ds RDB間>spike除了RDB以外的序列)
顯示武漢的RDB序列
應該不是最近從穿山甲重組過來的
因為完全不符合上面假設的結果

綜合其他分析



他們目前推論的假說是,有可能在很久以前(可能40年)
穿山甲病毒和武漢病毒,就發生過基因組間重組,所以兩邊都有了RDB序列

然後RDB上重要功能的序列被演化保留下來
同時持續累積不影響RDB功能的ds變異
所以才會有一樣的抗原結合位
同時又累積了大量的ds(0.71>0.651)

根本就不是你最後面
在那邊胡扯的大白菜假說好嘛


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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 1.163.45.194 (臺灣)
※ 文章代碼(AID): #1UdS3P19 (Gossiping)
※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Gossiping/M.1587396825.A.049.html
hqu: 那你說說 穿山甲怎麼搞上蝙蝠他娘的1F 04/20 23:36
hqu: 那你說說 穿山甲怎麼搞上蝙蝠他娘的
現在還需要更多研究,建立完整中間宿主,和病毒演化歷程
pikachupika: 科科系畢業的都去電子業做低階爆肝RD沒空看paper了QQ3F 04/20 23:36
※ 編輯: dolagon (1.163.45.194 臺灣), 04/20/2020 23:39:45
※ 編輯: dolagon (1.163.45.194 臺灣), 04/20/2020 23:43:02
※ 編輯: dolagon (1.163.45.194 臺灣), 04/20/2020 23:43:02
leocean9816: 即使沒人care,幫高調4F 04/20 23:47
domination: 你講的東西太過專業,而且完全不符合八卦版鄉民但風5F 04/20 23:47
domination: 向及需要,就算你是對的,恐怕也不會有太多關注,甚
domination: 至還有可能會引來無鬧的亂罵。
hqu: 今天就是武漢病毒橫空出世 找不出中間型和軌跡8F 04/20 23:48
hqu: 才會有那麼多的說法
qscgg: 我每一篇都看不懂...10F 04/20 23:52
BOOS0103: 再給支那些時間 武漢肺炎就可以除名了11F 04/20 23:56
hqu: 40年前就有的話 依這四個月的發病情況12F 04/20 23:57
hqu: 40年前就有的話 依這四個月的發病情況
hqu: 早就要群體免疫了 而不是像熱刀切奶油一樣
那個大約40年是第八篇paper作者,依據演化理論計算猜測的,但還只是假說
我只是原文照翻。我自己也覺得很離奇
但研究團隊另外也提出武漢病毒的演化階段,在他們檢測的樣本中已經像是中後期作佐證
但還是那句,仍需要早期樣本和更多研究佐證
jjlee: 有看有用心,但目前”沒有“中間宿主,所以這次的爆發沒那15F 04/20 23:59
jjlee: 麼“自然”
hqu: 傳到那 就死到那17F 04/21 00:00
Qaaaa: 不過目前愈感染愈自然了 其實很合理18F 04/21 00:00
Qaaaa: 所以後來較新的文章才能較明確將之歸類幾群
※ 編輯: dolagon (1.163.45.194 臺灣), 04/21/2020 00:09:59
Octur: 我同意20F 04/21 00:10
jjlee: 剛剛快速看了Ref8,有幾個問題:21F 04/21 00:13
jjlee: 1. synonymous snv的速度是2.9e-3 /site/yr, 這速度太慢,
jjlee:  跟目前的觀察不同https://i.imgur.com/iDk8dxb.jpg
[圖]
 
jjlee:  跟目前的觀察不同https://i.imgur.com/iDk8dxb.jpg24F 04/21 00:15
[圖]
 
jjlee: 2. 他的算法是基於 ”一個 ratio“, 我沒有看到他針對散佈25F 04/21 00:18
jjlee: 的 amount以及爆發後的快速累積序列數據進行 normalizati
jjlee: on
jjlee: 另外RDB的ds比其它高,不能排除因為剛過去正經歷強烈的se
jjlee: lection stress? 其他區段在演化上已經穩定,所以variati
jjlee: on rate變低
jjlee: 再來是一個單純看核酸的盲點,那就是tRNA的codon usage不
jjlee: 同,並非synonymous variation就不會影響到protein trans
jjlee: lation,因此 ds rate 非十分可觀
BelkanWar: 學弟推34F 04/21 00:35
BelkanWar: 學弟推
	
04/21 00:35                   
BelkanWar: 學弟推
	
04/21 00:35                   
※ 編輯: dolagon (1.163.45.194 臺灣), 04/21/2020 01:12:03
uruzu007: 推37F 04/21 01:14
ntubomber: 不合鄉民的口味 下去38F 04/21 01:17
annie06045: 先推39F 04/21 01:21
Howard2002: r大的推文被刪了?你們討論內容可以分享嗎?到底錯得40F 04/21 01:23
Howard2002: 離譜的是誰?
那ㄍ現在是我們的小秘密了
rrr518: 他的質疑點很正常~42F 04/21 01:23
rrr518: 是分子演化學得很好的鄉民
BMI100: 推44F 04/21 01:31
※ 編輯: dolagon (1.163.45.194 臺灣), 04/21/2020 01:51:06
way3125way: 看不懂 但是推 有討論有成長45F 04/21 01:55
pigfist1113: 馬的爭論完也給個結論,小秘密啥小46F 04/21 01:57
rrr518: 哈哈 沒什麼爭論啦 我只是跟他分享惹小故事47F 04/21 02:01
※ 編輯: dolagon (1.163.45.194 臺灣), 04/21/2020 02:18:47
goldenwave: 一堆台大的 也沒釣出半個領域專家48F 04/21 02:13
ericpan70096: 推49F 04/21 02:59
f416720001: @@完全不懂,不過有鄉民願意分析我就推50F 04/21 04:17
amethystboy: 認真給推51F 04/21 06:00
soyghcg 
soyghcg: 美國NIH頂尖學者(人類基因計畫攻克帶領者)都說是自然演化52F 04/21 06:11
soyghcg: 了 人家是專做分子遺傳學的 法國那個研究愛滋的諾獎得主
soyghcg: 根本不是這個領域
soyghcg: 結果在那高潮真的很顆顆
evachen5428: 不懂56F 04/21 06:24
arcZ: 人類基因計畫會病毒演化學?57F 04/21 06:55
arcZ: 研究愛滋跟病毒演化學內容比較相關吧
pipiayin: 沒看懂 但有一起討論給推59F 04/21 07:43
may60524: 推60F 04/21 07:43
Qkirito: 上篇懂 這篇不行61F 04/21 07:53
spector66: 推62F 04/21 08:00
observer0117: 不過實驗室內培養應該可以加速演化的過程,如果量63F 04/21 08:02
observer0117: 夠大的話
Refauth: 光看到你的第一段評論,我就已經笑死了wwwwwwwwwwwwwwwww65F 04/21 08:04
Refauth: 原文一堆錯你偏偏要挑最無法證明的來說他錯?真台灣智商
kanging: 先推再來看67F 04/21 08:06
wolf9420: 推68F 04/21 08:15
lozupomelo: 好難懂XDDD 但幫推69F 04/21 13:17
lihorecco03: 認真文推個70F 04/21 20:00

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