台北市長柯文哲日前在公開場合評論新黨及邱毅「看起來就很像是共產黨提名的，可見國台辦應該對國民黨、新黨的控制力很不錯」。此話引來邱毅及新黨相當不滿，上午赴台北地檢署按鈴提告柯文哲違反《選罷法》意圖使人不當選及刑事妨害名譽罪。邱毅痛批，柯文哲一天到晚說自己被抹紅抹黑，卻用同樣的手法抹紅從來沒攻擊過他的人，一點同理心都沒有，要求柯文哲不用公開道歉，打電話給他道歉。

邱毅強調，柯文哲無憑無據、信口開河，柯文哲如此不但是對他個人的侮辱，也是對新黨的攻擊。一個政治上面有舉足輕重地位的大人物，明明自己知道被人抹黑抹紅的痛苦，卻沒有辦法有同理心，反過頭去對無辜者進行抹黑抹紅，讓他對柯文哲大大失望。

又柯文哲表示「國台辦對新黨、國民黨的控制很好」，邱毅強調，不知道這樣的說法證據在哪裡「請你提出證據！做完整的說明！」邱毅諷刺，柯文哲如今能在政壇上舉足輕重，實在應該感謝他，要不是他當年揭發趙建銘台開內線交易案，柯文哲正巧接受媒體訪問，才使得柯文哲「政治周星馳」得到媒體青睞，莫名其妙的紅了，柯文哲應該飲水思源「給他這個機會的人是誰？那不就是邱毅嗎？」