※ 本文為 MindOcean 轉寄自 ptt.cc 更新時間: 2021-09-09 15:00:08
看板 Gossiping
作者 標題 Re: [問卦] 基因定序的原理？
時間 Wed Sep 8 15:27:54 2021
※ 引述《fifthfloorme (躌艛)》之銘言：
: 標題: [問卦] 基因定序的原理？
: 時間: Wed Sep 8 14:44:42 2021
:
: 小妹文組，想問基因定序為什麼要那麼多天？:
: 我以為就是把基因拿去顯微鏡底下觀察一下欸！生物課不是都有萃取過DNA嗎？:
: 還是說，要放大很多倍才能看得清楚序列呢？求解！
關於基因檢測的相關全條目，初版是我10年前寫的，好像沒被其他編輯者改多少:
https://reurl.cc/EZK4eA
基因定序
https://reurl.cc/aNlLDX
歡迎內行的各位幫忙編修~ ^^
這邊我要挑一點特別提出來給各位版友認識，基因定序之父是台灣人: 陳弈雄博士
: → Goog1e: 生物課萃取DNA?????? 150.116.147.25 09/08 14:45
現在的萃取DNA實驗，已經到小學生自然課就有做過了喔~
: 推 Neisseria: 用定序儀跑的。要跑一至兩週 112.105.246.64 09/08 14:48
不用，純做實驗、上機跑數據的話，一天以內(正確來說，幾小時內)就出來了~
整個過程最花時間的是採樣送件及確認受檢者的"跑病例流程"階段。 <=人文的
問題永遠比做科學的實驗還複雜。
整個過程最花時間的是採樣送件及確認受檢者的"跑病例流程"階段。 <=人文的
問題永遠比做科學的實驗還複雜。
現在科技進步很快，基因定序儀已經到第四代了，一個人的"全基因圖譜"才需要
跑到幾天。
: → SRadiant: 跑1、2週是20年前的事吧... 111.82.244.251 09/08 14:49
10年前的事.... 20年前是多個國家，上百的研究團隊跑了數年。
現在科技進步很快的。 ^^
: 推 vaya: 推 要用電顯。 選我正姐 39.11.36.226 09/08 14:51
電顯也看不到"分子"層次，DNA可是分子鏈....
: 推 owlonoak: 20年前還沒有完全定序這種技術 220.143.192.200 09/08 14:51
嗯.... 也不是這麼說......
: 推 Neisseria: 所以現在定序要多久？一至三天？ 112.105.246.64 09/08 14:52
做實驗不用，但整個流程(含採檢、送樣、實驗、上機、出報告....等全部)可能要。
: 推 LukaDoncic: 要先RT 再PCR 再送NGS 再用程式分析se 35.130.71.243 09/08 14:52
RT跟PCR是一起的.... 而且真有需要用到RT?
: → SRadiant: 記什麼，因為有3萬個左右所以要花一些 111.82.244.251 09/08 14:52
: → SRadiant: 時間 111.82.244.251 09/08 14:52
: → LukaDoncic: quence 可能還要重複幾次 35.130.71.243 09/08 14:52
: 推 scps990607: 搜尋「次世代定序NGS」了解一下 27.242.135.137 09/08 14:53
GJ ^^
: 推 kavengany: DNA電泳慢慢跑 223.139.161.184 09/08 14:53
這實驗不用跑電泳。
: 推 gn01657736: DNA才問世30年，技術還不成熟一堆文 49.217.198.4 09/08 14:53
看你說的技術是哪種... 比如剪接的技術確實還不純熟(基因治療)。
但論定序，它的發展已經很久、很熟了。
: → gn01657736: 組，ATGC就一堆人就看不懂了 49.217.198.4 09/08 14:53
: → SRadiant: 病毒幾萬個鹼基完整定序沒問題啊 111.82.244.251 09/08 14:54
沒錯~ 不過PCR永遠有個問題，就是在複製的時候會出錯。
: 推 owlonoak: 其實上面有一個鄉民還真的說對了 220.143.192.200 09/08 14:54
: → owlonoak: 真的是叫DNA排好報數 220.143.192.200 09/08 14:54
: → owlonoak: 是長度從一個鹼基到最後一個鹼基這樣 220.143.192.200 09/08 14:55
: → owlonoak: 檢查這一堆長度不等的DNA的最末端鹼基 220.143.192.200 09/08 14:55
: → owlonoak: 這就是目前定序的原理 220.143.192.200 09/08 14:56
: → SRadiant: NGS出來也快20年囉，2003年就有發表一 111.82.244.251 09/08 14:56
: → SRadiant: 個腺病毒全基因組 111.82.244.251 09/08 14:5710年
: 推 duckie: Sanger定序法 應該不會用到NGS 60.251.121.124 09/08 14:57
: → duckie: NGS太貴了 60.251.121.124 09/08 14:57
你內行!!
: 推 pastoris: 採後萃取蛋白質體，用delta序列當引子作 150.116.67.54 09/08 14:58
: → pastoris: PCR，結果sequence分析 150.116.67.54 09/08 14:58
..... 翠蛋白質體???? 你確定???? (@_@)?
: → SRadiant: 病毒基因體很小，不貴，而且公家的錢 111.82.244.251 09/08 14:58
只要做分子實驗，沒有不貴的~
: 推 pastoris: 那會用什麼作primer夾出來？ 150.116.67.54 09/08 15:03
: → SRadiant: https://i.imgur.com/oKP7BNV.jpg 111.82.244.251 09/08 15:03
: → SRadiant: 台灣不知不覺也上傳一堆序列了，剛剛還 111.82.244.251 09/08 15:04
: → SRadiant: 看到有人說定序會不會造假... 111.82.244.251 09/08 15:04
: → SRadiant: https://i.imgur.com/7SnEEYq.jpg 111.82.244.251 09/08 15:04
: → SRadiant: 有些資訊比較齊全的，會有定序技術，像 111.82.244.251 09/08 15:05
: → SRadiant: 這個是用Illumina Iseq 111.82.244.251 09/08 15:05
: → SRadiant: Illumina iseq 100的話就是NGS 111.82.244.251 09/08 15:07
你內行~ GJ~ ^,^
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 202.39.33.67 (臺灣)
※ 文章代碼(AID): #1XE6Nypr (Gossiping)
※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Gossiping/M.1631086076.A.CF5.html
※ 編輯: yabia (202.39.33.67 臺灣), 09/08/2021 15:28:41
ＲＮＡ的量比較大，不然光過程就被降解掉一堆了，以前做ＲＮＡ的研究的人很辛
苦。 現在有很多ＫＩＴ可以用，不需要我懂得那種老方法了，你可以去查一查
一些廠商提供的ＲＮＡ ＫＩＴ。
病毒基因體小，很容易測完，但要抓有意義的片段就好，多抓的是沒意義的~
反而干擾你做研究分析~
沒有我想像中的進步得快啊....
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推 : 我印象啥小sanger法1F 111.82.206.119 台灣 09/08 15:28
推 : 大神2F 36.230.201.164 台灣 09/08 15:28
推 : 你太專業了3F 39.8.193.220 台灣 09/08 15:28
→ : 推4F 101.12.18.61 台灣 09/08 15:32
推 : 請問要怎麼分離人和病毒的DNA呢5F 140.112.235.23 台灣 09/08 15:33
→ : 更正,應該是RNA?
有特定序列可以用primer夾，跑電泳切膠、PCR...等，我懂得是老套的做法，需要→ : 更正,應該是RNA?
ＲＮＡ的量比較大，不然光過程就被降解掉一堆了，以前做ＲＮＡ的研究的人很辛
苦。 現在有很多ＫＩＴ可以用，不需要我懂得那種老方法了，你可以去查一查
一些廠商提供的ＲＮＡ ＫＩＴ。
推 : 我生化被當的咖QQ7F 180.176.139.245 台灣 09/08 15:36
分生是現在的科科人的顯學，你生化不好好讀，分生就別想過了．．．．推 : 不需要RT嗎？ 冠狀病毒不是RNA病毒嗎？8F 101.9.135.19 台灣 09/08 15:49
→ : 還是現在RNA也可以直接pcr？
→ : 還是現在RNA也可以直接pcr？
→ : 不是討論病毒基因體嗎？你說幾十個國家10F 111.82.244.251 台灣 09/08 15:50
→ : 那是人類基因體
喔，我以為你在談"歷史"，在講之前的人類基因體的事....→ : 那是人類基因體
病毒基因體小，很容易測完，但要抓有意義的片段就好，多抓的是沒意義的~
反而干擾你做研究分析~
→ : 10年前病毒基因體1、2天就有，不用1~2週12F 111.82.244.251 台灣 09/08 15:52
推 : 分生是20年前科科人的顯學，現在就基本功13F 1.162.0.58 台灣 09/08 15:53
也對啦~ 現在是基本功了~ 時代的眼淚~ (Q_Q)→ : 要RT14F 1.162.0.58 台灣 09/08 15:54
我以為已經有新產品可以替代這老方法了.... 現在還是要RT啊... (=..=)沒有我想像中的進步得快啊....
→ : 自從human genome proejct 完成之後 科科15F 1.162.0.58 台灣 09/08 16:08
你也不想想該內容是我10幾年前寫的~ 既然是內行人，有空幫我編修啦~推 : 現在能不轉成cDNA就PCR?16F 140.117.248.2 台灣 09/08 16:08
→ : 人改玩各種 -omics 然後又回到整體論層次17F 1.162.0.58 台灣 09/08 16:09
推 : 有one step RT-PCR臨床有沒有用不知道18F 70.236.210.38 美國 09/08 16:09
→ : 的生物學研究19F 1.162.0.58 台灣 09/08 16:09
推 : 我只是好奇同時做你要怎麼分離RNA RT可以特20F 140.117.248.2 台灣 09/08 16:10
→ : 別辨識polyA tail
※ 編輯: yabia (202.39.33.67 臺灣), 09/08/2021 16:12:38→ : 別辨識polyA tail
→ : 因為你抽的時候也得到非mRNA的東西22F 140.117.248.2 台灣 09/08 16:11
→ : 第四代？我只認識第三代nano pore? 第四代23F 39.12.5.50 台灣 09/08 16:23
→ : 不是還在開發中 商用了嗎？
→ : 不是還在開發中 商用了嗎？
推 : RNA抽出來不RT會不會很容易裂解，應該不會25F 1.161.198.188 台灣 09/08 16:53
→ : 有人這麼勇敢吧
→ : 有人這麼勇敢吧
推 : 人文(x) 人為/人事/行政流程(o)27F 223.136.151.198 台灣 09/08 16:54
推 : 病毒基因體小，確實(比較)便宜啦！
推 : 病毒基因體小，確實(比較)便宜啦！
推 : 推29F 223.140.111.148 台灣 09/08 16:56
推 : 如果是PCR我懂一點，萃取病毒的RNA後30F 36.231.70.63 台灣 09/08 16:59
→ : 會轉錄成DNA再進行PCR
→ : 會轉錄成DNA再進行PCR
推 : 英國變種的源頭抓到但媒體都不報32F 49.217.238.173 台灣 09/08 17:25
→ : 專業推33F 223.140.114.56 台灣 09/08 17:33
→ : 推專業文34F 223.137.2.208 台灣 09/08 18:13
→ : 電顯當然看得到分子，只是不會用來定序35F 49.104.18.81 日本 09/08 18:43
推 : 可以敲碗下一篇文章嗎!!! 敲敲!!36F 114.39.181.102 台灣 09/08 22:23
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(￣︶￣)ｂ iiillliiilll, tsukiyumi 說讚！
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